Perguntas Frequentes

Nossa equipe tem experiência no processamento e análise de dados de DNA e RNA utilizando uma ampla gama de ferramentas de bioinformática. Aqui listamos alguns dos nossos serviços, que incluem controle de qualidade de dados, montagem de amplicons, montagem e anotação de genomas/ metagenomas/ transcriptomas, análises filogenéticas e filogenômicas e análises populacionais com o uso de marcadores moleculares. Se o que você precisa não está nessa lista, fale com a gente que nós tentaremos ajudar.

Temos experiência ampla em bioinformática, incluindo diversas análises que vão além das listados no site. Entre em contato com a gente e conte-nos sobre o que você precisa.

Não podemos prometer, mas faremos uma avaliação caso a caso. Entre em contato conosco. De maneira geral, a qualidade das reads obtidas no sequenciamento tem impacto direto nos resultados das análises de bioinformática. Assim, reads de baixa qualidade tendem a gerar resultados menos conclusivos em relação a dados similares de boa qualidade. Por esse motivo, ressaltamos a importante de investir em um sequenciamento de qualidade usando uma tecnologia apropriada para responder às perguntas do seu projeto. 

Antes de iniciar a execução do seu projeto é importante pensar em um design experimental que possibilite a investigação das perguntas que serão trabalhadas. Designs inadequados podem impossibilitar a comparação entre condições amostrais ou dificultar a obtenção de suporte estatístico para as conclusões geradas. Também é muito importante escolher uma tecnologia de sequenciamento adequada, já que a estratégia errada pode elevar muito os custos do projeto ou gerar dados pouco informativos em relação às perguntas que serão trabalhadas.

O sequenciamento Sanger é uma tecnologia mais antiga e que gera uma quantidade relativamente baixa de dados em cada rodada de seuquenciamento. Apesar disto, ela ainda pode apresentar o melhor custo benefício para o sequenciamento de um número baixo de amplicons de tamanho curto. Já as tecnologias de sequenciamento de nova geração (ou NGS, da abreviatura em inglês), produzem uma grande quantidade de dados de uma só vez e podem processar muitas amostras simultaneamente. O NGS é ideal para sequenciamento de amplicons provindos de muitas amostras ao mesmo tempo e para o sequenciamento de genomas completos, metagenomas ou transcriptomas. 

Dependendo da tecnologia utilizada (Illumina, Oxford Nanopore, PacBio, etc), o sequenciamento NGS pode gerar reads curtas (100 ~ 300 pb) ou longas (milhares de pares de base). Reads curtas oferecem melhor custo benefício para estudos baseados em amplicons (16S, 18S, ITS…), para a geração de rascunhos de genoma (draft genomes) e para o sequenciamento completo de pequenos genomas de virus, organelas (mitocôndria e cloroplasto) e algumas bactérias. Já as reads longas são ideais para sequenciamento de genomas maiores e para o fechamento de genomas com regiões repetitivas que não podem ser resolvidas com reads curtas.

O sequenciamento de amplicons utiliza primers específicos para sequenciar apenas alguns genes de interesse, por exemplo 16S, 18S, ITS ou outros. Essa tecnologia é muito utilizada para sequenciar marcadores taxonômicos que servem de base para estudos de diversidade de grupos específicos (bactérias, fungos, etc) ou para analisar genes específicos associados a alguma condição de interesse. Já a estratégia shotgun sequencia todo o DNA presente na amostra, sendo ideal para o sequenciamento de genomas completos, rascunhos de genomas ou para um estudo da diversidade genética total, independente do grupo taxonômico. 

A escolha da tecnologia de sequenciamento mais apropriada para o seu projeto depende de vários fatores, incluindo a pergunta que você pretende responder, o tipo de amostra e os recursos disponíveis. Caso você tenha dúvidas sobre qual opção escolher dentre Sanger X NGS, short reads X long reads e shotgun X amplicons, leia mais sobre os nossos serviços de sequenciamento ou converse com a gente. Teremos prazer em ajudar. 

Cada espécie possui um código genético único, que a distingue de todas outras. A metodologia de DNA barcoding consiste no uso de fragmentos específicos do genoma como um código de barra (barcode, em inglês) característico de cada espécie. Assim, sequenciando este fragmento barcode de uma amostra biológica, é possível identificar de qual espécie ele provém. O DNA metabarcoding segue o mesmo princípio, porém em maior escala. Nessa metodologia usamos sequenciamento NGS para determinar as sequências de barcode de muitas espécies simultaneamente.

O DNA barcoding é muito utilizado em estudos ambientais para identificação taxonômica de espécimes e amostras biológicas, sejam elas provindas de animais, plantas, fungos, microorganismos ou outros. É muito usado também para distinguir espécies que são muito similares e difíceis de serem separadas através de morfologia. Outra aplicação comum é no rastreamento da origem biológica de alimentos, por exemplo para certificar que um filé de peixe vendido no supermercado é realmente da espécie que está anunciada. O DNA metabarcoding é usado para identificar todas os organismos presentes em uma amostra complexa, como por exemplo comunidades microbianas ou de insetos que foram amostrados em um estudo de monitoramento ambiental. 

Os seres vivos constantemente liberam partículas orgânicas no ambiente em que vivem, e muitas destas partículas carregam moléculas de DNA. Na análise de DNA ambiental (environmental DNA no inglês, ou eDNA), nós extraímos o DNA acumulado em amostras de solo ou água, sequenciamos e utilizamos pipelines de bioinformática especializados para identificar quais espécies vivem ou passam por aquele ambiente. 

Ao contrário do DNA barcoding/ metabarcoding, que se baseia em amostras extraídas diretamente dos organismos, o DNA ambiental analisa moléculas que estão soltas no ambiente. Assim, a tecnologia proporciona uma análise mais ampla da biodiversidade da área de interesse, indo além das espécies que foram amostradas diretamente. O estudo de DNA ambiental permite a identificação e monitoramento de espécies raras, difíceis de serem amostradas ou que apenas transitam pela área estudada. É muito utilizado no estudo e monitoramento da biota de rios, lagos, barragens, áreas preservadas e áreas em recuperação ambiental, dentre outras. 

O uso de dados genéticos é uma tendencia mundial e crescente no estudo e monitoramento da biodiversidade. Ela permite maior padronização dos protocolos de amostragem, reduz o tempo de trabalho em campo e permite a identificação e análise de espécies raras ou difíceis de serem observadas por métodos tradicionais. 

Certamente! Leia mais sobre os nossos serviços de DNA ambiental e monitoramento da biodiversidade ou fale diretamente com a gente. Teremos prazer em conversar sobre como você pode utilizar abordagens genéticas no seu projeto e ajudamos você a definir qual metodologia é a mais adequada para o seu caso.