{"id":1691,"date":"2023-02-08T11:44:23","date_gmt":"2023-02-08T14:44:23","guid":{"rendered":"https:\/\/bioseq.com.br\/?page_id=1691"},"modified":"2024-02-27T17:16:12","modified_gmt":"2024-02-27T20:16:12","slug":"perguntas-frequentes-faq","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/bioseq.com.br\/index.php\/perguntas-frequentes-faq\/","title":{"rendered":"Perguntas Frequentes"},"content":{"rendered":"\n

Bioinform\u00e1tica<\/h2>\n\n\n\n


Quais an\u00e1lises de bioinform\u00e1tica a BioSeq faz?<\/h3>
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Nossa equipe tem experi\u00eancia no processamento e an\u00e1lise de dados de DNA e RNA utilizando uma ampla gama de ferramentas de bioinform\u00e1tica. Aqui<\/a> listamos alguns dos nossos servi\u00e7os, que incluem controle de qualidade de dados, montagem de amplicons, montagem e anota\u00e7\u00e3o de genomas\/ metagenomas\/ transcriptomas, an\u00e1lises filogen\u00e9ticas e filogen\u00f4micas e an\u00e1lises populacionais com o uso de marcadores moleculares. Se o que voc\u00ea precisa n\u00e3o est\u00e1 nessa lista, fale com a gente que n\u00f3s tentaremos ajudar.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n


Preciso de uma an\u00e1lise bioinform\u00e1tica que n\u00e3o est\u00e1 listada no site. Voc\u00eas conseguem realiz\u00e1-la?<\/h3>
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Temos experi\u00eancia ampla em bioinform\u00e1tica, incluindo diversas an\u00e1lises que v\u00e3o al\u00e9m das listados no site. Entre em contato com a gente e conte-nos sobre o que voc\u00ea precisa.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n


Tenho dados de sequenciamento (reads<\/em>), por\u00e9m a qualidade n\u00e3o est\u00e1 boa. Voc\u00eas conseguem processar e analisar estes dados?<\/h3>
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N\u00e3o podemos prometer, mas faremos uma avalia\u00e7\u00e3o caso a caso. Entre em contato conosco. De maneira geral, a qualidade das reads obtidas no sequenciamento tem impacto direto nos resultados das an\u00e1lises de bioinform\u00e1tica. Assim, reads<\/em> de baixa qualidade tendem a gerar resultados menos conclusivos em rela\u00e7\u00e3o a dados similares de boa qualidade. Por esse motivo, ressaltamos a importante de investir em um sequenciamento de qualidade usando uma tecnologia apropriada para responder \u00e0s perguntas do seu projeto. <\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n

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Sequenciamento Gen\u00e9tico<\/h2>\n\n\n\n


Quais pontos s\u00e3o importantes de serem considerados antes de iniciar um projeto de sequenciamento gen\u00e9tico?<\/h3>
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Antes de iniciar a execu\u00e7\u00e3o do seu projeto \u00e9 importante pensar em um design experimental que possibilite a investiga\u00e7\u00e3o das perguntas que ser\u00e3o trabalhadas. Designs inadequados podem impossibilitar a compara\u00e7\u00e3o entre condi\u00e7\u00f5es amostrais ou dificultar a obten\u00e7\u00e3o de suporte estat\u00edstico para as conclus\u00f5es geradas. Tamb\u00e9m \u00e9 muito importante escolher uma tecnologia de sequenciamento adequada, j\u00e1 que a estrat\u00e9gia errada pode elevar muito os custos do projeto ou gerar dados pouco informativos em rela\u00e7\u00e3o \u00e0s perguntas que ser\u00e3o trabalhadas.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n


Qual \u00e9 a diferen\u00e7a entre sequenciamento Sanger e NGS?<\/h3>
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O sequenciamento Sanger \u00e9 uma tecnologia mais antiga e que gera uma quantidade relativamente baixa de dados em cada rodada de seuquenciamento. Apesar disto, ela ainda pode apresentar o melhor custo benef\u00edcio para o sequenciamento de um n\u00famero baixo de amplicons de tamanho curto. J\u00e1 as tecnologias de sequenciamento de nova gera\u00e7\u00e3o (ou NGS<\/em>, da abreviatura em ingl\u00eas), produzem uma grande quantidade de dados de uma s\u00f3 vez e podem processar muitas amostras simultaneamente. O NGS \u00e9 ideal para sequenciamento de amplicons provindos de muitas amostras ao mesmo tempo e para o sequenciamento de genomas completos, metagenomas ou transcriptomas. <\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n


Qual \u00e9 a diferen\u00e7a entre sequenciamento com short reads<\/em> e long reads<\/em>?<\/h3>
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Dependendo da tecnologia utilizada (Illumina, Oxford Nanopore, PacBio, etc), o sequenciamento NGS pode gerar reads curtas (100 ~ 300 pb) ou longas (milhares de pares de base). Reads<\/em> curtas oferecem melhor custo benef\u00edcio para estudos baseados em amplicons (16S, 18S, ITS\u2026), para a gera\u00e7\u00e3o de rascunhos de genoma (draft genomes<\/em>) e para o sequenciamento completo de pequenos genomas de virus, organelas (mitoc\u00f4ndria e cloroplasto) e algumas bact\u00e9rias. J\u00e1 as reads<\/em> longas s\u00e3o ideais para sequenciamento de genomas maiores e para o fechamento de genomas com regi\u00f5es repetitivas que n\u00e3o podem ser resolvidas com reads curtas.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n


Qual \u00e9 a diferen\u00e7a entre sequenciamento shotgun<\/em> e de amplicons?<\/h3>
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O sequenciamento de amplicons utiliza primers espec\u00edficos para sequenciar apenas alguns genes de interesse, por exemplo 16S, 18S, ITS ou outros. Essa tecnologia \u00e9 muito utilizada para sequenciar marcadores taxon\u00f4micos que servem de base para estudos de diversidade de grupos espec\u00edficos (bact\u00e9rias, fungos, etc) ou para analisar genes espec\u00edficos associados a alguma condi\u00e7\u00e3o de interesse. J\u00e1 a estrat\u00e9gia shotgun sequencia todo o DNA presente na amostra, sendo ideal para o sequenciamento de genomas completos, rascunhos de genomas ou para um estudo da diversidade gen\u00e9tica total, independente do grupo taxon\u00f4mico. <\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n


Qual o melhor tipo de sequenciamento para o meu projeto?<\/h3>
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A escolha da tecnologia de sequenciamento mais apropriada para o seu projeto depende de v\u00e1rios fatores, incluindo a pergunta que voc\u00ea pretende responder, o tipo de amostra e os recursos dispon\u00edveis. Caso voc\u00ea tenha d\u00favidas sobre qual op\u00e7\u00e3o escolher dentre Sanger X NGS, short reads<\/em> X long reads<\/em> e shotgun X amplicons, leia<\/a> mais sobre os nossos servi\u00e7os de sequenciamento ou converse<\/a> com a gente. Teremos prazer em ajudar.\u00a0<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n

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DNA ambiental (eDNA) e metabarcoding<\/em><\/h2>\n\n\n\n


O que \u00e9 DNA barcoding<\/em> e DNA metabarcoding<\/em>?\u00a0<\/h3>
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Cada esp\u00e9cie possui um c\u00f3digo gen\u00e9tico \u00fanico, que a distingue de todas outras. A metodologia de DNA barcoding<\/em> consiste no uso de fragmentos espec\u00edficos do genoma como um c\u00f3digo de barra (barcode<\/em>, em ingl\u00eas) caracter\u00edstico de cada esp\u00e9cie. Assim, sequenciando este fragmento barcode<\/em> de uma amostra biol\u00f3gica, \u00e9 poss\u00edvel identificar de qual esp\u00e9cie ele prov\u00e9m. O DNA metabarcoding<\/em> segue o mesmo princ\u00edpio, por\u00e9m em maior escala. Nessa metodologia usamos sequenciamento NGS para determinar as sequ\u00eancias de barcode<\/em> de muitas esp\u00e9cies simultaneamente.<\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n


Quais as aplica\u00e7\u00f5es do DNA barcoding<\/em> e metabarcoding<\/em>?<\/h3>
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O DNA barcoding \u00e9 muito utilizado em estudos ambientais para identifica\u00e7\u00e3o taxon\u00f4mica de esp\u00e9cimes e amostras biol\u00f3gicas, sejam elas provindas de animais, plantas, fungos, microorganismos ou outros. \u00c9 muito usado tamb\u00e9m para distinguir esp\u00e9cies que s\u00e3o muito similares e dif\u00edceis de serem separadas atrav\u00e9s de morfologia. Outra aplica\u00e7\u00e3o comum \u00e9 no rastreamento da origem biol\u00f3gica de alimentos, por exemplo para certificar que um fil\u00e9 de peixe vendido no supermercado \u00e9 realmente da esp\u00e9cie que est\u00e1 anunciada. O DNA metabarcoding \u00e9 usado para identificar todas os organismos presentes em uma amostra complexa, como por exemplo comunidades microbianas ou de insetos que foram amostrados em um estudo de monitoramento ambiental. <\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n


O que \u00e9 DNA ambiental (eDNA)?\u00a0<\/h3>
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Os seres vivos constantemente liberam part\u00edculas org\u00e2nicas no ambiente em que vivem, e muitas destas part\u00edculas carregam mol\u00e9culas de DNA. Na an\u00e1lise de DNA ambiental (environmental DNA<\/em> no ingl\u00eas, ou eDNA), n\u00f3s extra\u00edmos o DNA acumulado em amostras de solo ou \u00e1gua, sequenciamos e utilizamos pipelines de bioinform\u00e1tica especializados para identificar quais esp\u00e9cies vivem ou passam por aquele ambiente. <\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n


Qual as aplica\u00e7\u00f5es do DNA ambiental?<\/h3>
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Ao contr\u00e1rio do DNA barcoding\/ metabarcoding, que se baseia em amostras extra\u00eddas diretamente dos organismos, o DNA ambiental analisa mol\u00e9culas que est\u00e3o soltas no ambiente. Assim, a tecnologia proporciona uma an\u00e1lise mais ampla da biodiversidade da \u00e1rea de interesse, indo al\u00e9m das esp\u00e9cies que foram amostradas diretamente. O estudo de DNA ambiental permite a identifica\u00e7\u00e3o e monitoramento de esp\u00e9cies raras, dif\u00edceis de serem amostradas ou que apenas transitam pela \u00e1rea estudada. \u00c9 muito utilizado no estudo e monitoramento da biota de rios, lagos, barragens, \u00e1reas preservadas e \u00e1reas em recupera\u00e7\u00e3o ambiental, dentre outras. <\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n


Quais as vantagens do uso de abordagens gen\u00e9ticas no estudo e monitoramento da biodiversidade em compara\u00e7\u00e3o com m\u00e9todos tradicionais?<\/h3>
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O uso de dados gen\u00e9ticos \u00e9 uma tendencia mundial e crescente no estudo e monitoramento da biodiversidade. Ela permite maior padroniza\u00e7\u00e3o dos protocolos de amostragem, reduz o tempo de trabalho em campo e permite a identifica\u00e7\u00e3o e an\u00e1lise de esp\u00e9cies raras ou dif\u00edceis de serem observadas por m\u00e9todos tradicionais. <\/p>\n<\/div><\/div>\n\n\n\n


Tenho interesse em DNA ambiental\/ DNA barcoding<\/em>\/ metabarcoding<\/em> mas n\u00e3o sei como implementar essas tecnologias no meu projeto. Voc\u00eas podem me ajudar?<\/h3>
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Certamente! Leia<\/a> mais sobre os nossos servi\u00e7os de DNA ambiental e monitoramento da biodiversidade ou fale<\/a> diretamente com a gente. Teremos prazer em conversar sobre como voc\u00ea pode utilizar abordagens gen\u00e9ticas no seu projeto e ajudamos voc\u00ea a definir qual metodologia \u00e9 a mais adequada para o seu caso.<\/p>\n<\/div><\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Bioinform\u00e1tica Sequenciamento Gen\u00e9tico DNA ambiental (eDNA) e metabarcoding<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"parent":0,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_monsterinsights_skip_tracking":false,"_monsterinsights_sitenote_active":false,"_monsterinsights_sitenote_note":"","_monsterinsights_sitenote_category":0,"_themeisle_gutenberg_block_has_review":false,"_kadence_starter_templates_imported_post":false,"_kad_post_transparent":"","_kad_post_title":"","_kad_post_layout":"","_kad_post_sidebar_id":"","_kad_post_content_style":"","_kad_post_vertical_padding":"","_kad_post_feature":"","_kad_post_feature_position":"","_kad_post_header":false,"_kad_post_footer":false,"_kad_post_classname":"","footnotes":""},"class_list":["post-1691","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/bioseq.com.br\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1691","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/bioseq.com.br\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/bioseq.com.br\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioseq.com.br\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/bioseq.com.br\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1691"}],"version-history":[{"count":24,"href":"https:\/\/bioseq.com.br\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1691\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":2123,"href":"https:\/\/bioseq.com.br\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/1691\/revisions\/2123"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/bioseq.com.br\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1691"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}